Desenvolupament de Plugins¶
Traducció assistida per IA - més informació i suggeriments
El sistema de plugins de Nextflow us permet estendre el llenguatge amb funcions personalitzades, hooks de monitoratge, backends d'execució i molt més. Els plugins permeten a la comunitat afegir funcionalitats a Nextflow sense modificar el seu nucli, cosa que els fa ideals per compartir funcionalitats reutilitzables entre pipelines.
Durant aquesta formació, aprendreu a utilitzar plugins existents i, opcionalment, a crear-ne de propis.
Audiència i prerequisits¶
La Part 1 cobreix l'ús de plugins existents i és rellevant per a tots els usuaris de Nextflow. Les Parts 2-6 cobreixen la construcció dels vostres propis plugins i impliquen codi Groovy i eines de construcció. No cal experiència prèvia amb Java ni Groovy.
Prerequisits
- Un compte de GitHub O una instal·lació local tal com es descriu aquí.
- Haver completat el curs Hello Nextflow o equivalent.
- Java 21 o posterior (inclòs a l'entorn de formació; només necessari per a les Parts 2-6).
Directori de treball: side-quests/plugin_development
Objectius d'aprenentatge¶
Al final d'aquesta formació, sereu capaços de:
Ús de plugins (Part 1):
- Instal·lar i configurar plugins existents als vostres workflows
- Importar i utilitzar funcions de plugins
Desenvolupament de plugins (Parts 2-6):
- Crear un nou projecte de plugin utilitzant el generador de projectes integrat de Nextflow
- Implementar funcions personalitzades invocables des de workflows
- Construir, provar i instal·lar el vostre plugin localment
- Monitorar esdeveniments del workflow (p. ex., finalització de tasques, inici/fi del pipeline) per a registres o notificacions personalitzades
- Afegir opcions de configuració per fer els plugins personalitzables
- Distribuir el vostre plugin
Pla de lliçons¶
Part 1: Conceptes bàsics de plugins¶
Utilitzeu plugins existents en un workflow de Nextflow i configureu el seu comportament.
Part 2: Creació d'un projecte de plugin¶
Genereu un nou projecte de plugin i examineu-ne l'estructura.
Part 3: Funcions personalitzades¶
Implementeu funcions personalitzades, construïu el vostre plugin i executeu-lo en un workflow.
Part 4: Proves¶
Escriviu i executeu proves unitàries utilitzant el framework Spock.
Part 5: Monitoratge del workflow¶
Responeu a esdeveniments com la finalització de tasques per construir un comptador de tasques.
Part 6: Configuració i distribució¶
Llegiu paràmetres de nextflow.config per fer el vostre plugin personalitzable i, a continuació, apreneu com compartir-lo.
Esteu preparats per fer el curs?